Ediční profil Nakladatelství Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích tvoří pět edičních řad Episteme: Theoria, Natura, Societas, Historia a Archaeologia. Nakladatelství dále přináší také exkluzivní tituly mimo edice.

Edice Theoria se zaměřuje především na oblast literární teorie, v edici Natura jsou publikovány zejména výstupy renomovaných jihočeských biologů, řada Societas je tvořena monografiemi z široce pojaté oblasti humanitních věd, Historia je orientována na oblast věd historických a edice Archaeologia přináší publikace týkající se archeologických výzkumů.