Nakladatelství pod původním názvem Episteme vzniklo v rámci Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích v roce 2013, a to s cílem „vydávat původní vědecké monografie, zastřešit vydavatelskou činnost jednotlivých fakult, zvyšovat povědomí o Jihočeské univerzitě mezi laickou i odbornou veřejností, pomáhat odborníkům z Jihočeské univerzity publikovat výsledky svého bádání a v neposlední řadě posílit mechanismy dohledu nad kvalitou vydávaných publikací“.
Původně bylo nakladatelství koncipováno pod Filozofickou fakultou JU a s představou vydavatelské i distribuční kooperace s nakladatelstvím Akademie věd ČR Academia. Výběr vydávaných titulů řídila od počátku Redakční rada a byly založeny čtyři tematicky orientované ediční řady – Theoria, Natura, Societas a Historia –, k nimž v roce 2017 přibyla i Archaeologia. Praxe následujících let vedla k osamostatnění, a tak od roku 2016 knihy vycházely pouze pod hlavičkou nakladatelství Episteme a byly distribuovány skrze knihkupeckou síť Kosmas.
V roce 2019 bylo nakladatelství začleněno do struktury Jihočeské univerzity jako celoškolské pracoviště a jeho název byl změněn na Nakladatelství Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích. Označení Episteme se stalo edičním označením pro knihy, které procházejí recenzním řízením, a nakladatelství tedy garantuje jejich jazykovou redakci, na rozdíl od publikací pro vnitřní potřebu či tiskovin určených pro výuku, které jsou vydávány bez tohoto edičního označení. Dle schváleného statutu zajišťuje nakladatelství „komplexní služby vydavatelské, reprografické, tiskařské a služby v oblasti prodeje, distribuce a propagace vydávaných tiskovin. Cílem nakladatelství je zvyšovat povědomí o JU mezi odbornou i laickou veřejností, pomáhat odborníkům z JU publikovat výsledky svého bádání a garantovat patřičnou redakční i knižní kvalitu vydávaných publikací“.
Nakladatelství je univerzitou financováno z prostředků pro rozvoj výzkumné organizace. Účelem činnosti nakladatelství je poskytovat možnost vydání odborných knih a učebnic jak pro autory působící na některé z osmi fakult Jihočeské univerzity, tak případně i pro autory z jiných institucí. Podrobnosti ohledně způsobu podání návrhu na vydání knihy či recenzního řízení lze najít v sekci Pro autory.