Ediční profil Nakladatelství Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích tvoří pět základních edičních řad Episteme: Theoria, Natura, Societas, Historia a Archaeologia. Nakladatelství dále přináší také exkluzivní tituly mimo edice, vybrané publikace rovněž zpřístupňuje ve formě PDF knih a v rámci elektronické edice E-scriptio představuje kvalitní akademické práce z různých oborů.

Edice Theoria se zaměřuje především na oblast literární teorie, lingvistiky a kultury, v edici Natura jsou publikovány zejména výstupy renomovaných jihočeských biologů, řada Societas je tvořena monografiemi z široce pojaté oblasti humanitních věd, Historia je orientována na oblast věd historických a edice Archaeologia přináší nejnovější poznatky z archeologických výzkumů.

Označení Episteme nesou knihy, které procházejí recenzním řízením, a nakladatelství tedy garantuje jejich jazykovou redakci. Vedlě těchto publikací nakladatelství vydává i texty určené pro vnitřní potřebu či výuku.